Сибирская флотилия решала задачи скромнее — проводила и выводила на буксире суда от Татарского пролива через мели в Николаевск, а также осуществляла грузопассажирские перевозки из Николаевска во вновь образуемые посты, важнейшим из которых быстро стал Владивосток. Основу флотилии в 1860-70-х гг. составляли: пароходокорвет «Америка», паровые транспорты «Японец» и «Манджур», а также винтовая шхуна «Восток», парусная шхуна «Фарватер», 5-пушечный пароход «Амур», паровой бот «Суйфун». Именно пароходокорвет «Америка» во главе отряда под флагом графа Н. Н. Муравьева-Амурского первым из русских кораблей посетил бухту Золотой Рог, положив начало городу Владивосток. «Манджур» и «Японец» приняли активное участие в основании и строительстве Владивостока, причем экипаж «Японца» в 1860 г. по инициативе начальника Отряда судов в Китайском море капитана 1 ранга И. Ф. Лихачева занял формально принадлежащий Китаю залив Посьет, основав там Новгородский пост. Бот «Суйфун» в 1865 г. стал первым кораблем, приписанным к Владивостокскому порту, и осуществлял товаро-пассажирское сообщение между портопунктами залива Петра Великого.